Organy wybudowane w 1881 roku przez firmę „Schlag & Sohne” ze Świdnicy (op.195). 19-głosowy instrument jest w pełni mechaniczny, posiada 2-manuały i pedał.
Organy znacznie ucierpiały podczas II Wojny Światowej. Zostały wykradzione z nich wszystkie metalowe piszczałki łącznie z roztrąbami puzonu. Zachowały się tylko piszczałki prospektowe. Organy były naprawiane przez włocławskich organmistrzów (m.in. przez Stefana Truszczyńskiego czy firmę Biernackich), jednakże były to naprawy doraźne, pozwalające na korzystanie z instrumentu podczas nabożeństw. Są to najstarsze organy we Włocławku. Obecnie są nieczynne, do liturgii służy instrument elektroniczny.